Heródes különféle családokból nevezte ki a főpapokat, és jelentősen megnyirbálta a korábbi politikai hatalmukat. Ez a gyakorlat tovább élt a római helytartók idejében is. Ők a főpapokat öt előkelő család tagjai közül választották ki. Az Apostolok cselekedetei név szerint is említi Annás (a történész Josephus szerint Ananos) főpapi családjának több tagját. Az, hogy Annás után öt fia, valamint sógora, Kaifás is betöltötte ezt a tisztséget, meggyőzően bizonyítja, hogy ennek a dinasztiának mekkora befolyása volt Jézus korában. A rómaiak elvárták, hogy a főpapok hatalmuknál fogva szigorú fegyelem alatt tartsák a lakosságot — mindenekelőtt Jeruzsálemben. Történelmi forrásokból tudjuk, hogy az egyik római helytartó, Florus (Kr. u. 64—66) felszólította a főpapot, hogy néhány magas rangú polgár segítségével tartóztasson le, és adjon át neki tizennyolc lázadót. Érdemes megjegyezni, hogy ugyanezt az eljárást követték három évtizeddel korábban Jézus letartóztatása során is. A főpapi családok a szadduceus párthoz tartoztak. A szadduceusok a zsidó vallási intézmények függetlensége és az ország lehető legnagyobb autonómiája érdekében vállalták a Rómával való együttműködést. E magas rangú papi csoportok szerint, ha nem lépnek fel Jézus ellen, akkor a rómaiak el fogják pusztítani a templomot és az egész országot (Jn 11,48). Néhány évtizeddel később, amikor a zsidók felkeltek a római megszállás ellen, ez be is következett. A főpapok és követőik hajlandóságát a rómaiakkal való együttműködésre a lakosság nem nézte jó szemmel. Gyakran korrupcióval is megvádolták őket, többen közülük nagy összegekkel vesztegették meg a helytartókat, hogy azok gondoskodjanak a kinevezésükről.

Ezek a főpapok annak köszönhették gazdagságukat, hogy ők felügyelték a templomi kincstárat. A szentély az óriási vagyonából adódóan központi szerepet tölt be a palesztin gazdasági életben. A Róma és a templom által kivetett adók egyidejűleg sújtották a népet. Ezek közül a legjelentősebb a mezőgazdasági termények tizede és a fél sékel összegű évi fejadó volt. Ezt minden, diaszpórában és Palesztinában élő zsidó férfi köteles volt beszolgáltatni a templom kincstárába. A kötelező terheken kívül sokan önkéntesen adományoztak. Erre egy példa az evangéliumokból a szegény özvegy és a gazdagok esete (Mk 12, 41—44). A templom emellett afféle bankként is működött, a gazdagok itt helyezhették letétbe pénzüket és értékeiket. A főpap tehát egyszerre volt a templom vallási és gazdasági vezetője. Az ő feladata volt azoknak a szertartásoknak az elvégzése, amelyek a zsidók hite szerint szavatolták a nép jólétét. Az evangéliumokban e vallási feladatokról szinte nem is esik szó. Az egyetlen ilyen jellegű utalás János evangéliumában található, amikor is Kaifás a főtanács előtt megjövendöli Jézus halálát (Jn 11, 51). Philón és Josephus Flavius írásaikban szintén megemlítik, hogy a nép látnoki képességeket tulajdonított a főpapoknak. A templomban szolgáló papok többségével ellentétben a főpap nem a templom területén élt, hanem saját háza volt. Az evangéliumok is említik, hogy Jézust az elfogása után Kaifás házába vitték. Josephus szerint a főpapok a felsővárosban laktak, ez a városrész adott otthont Jeruzsálem legvagyonosabb polgárainak. A legújabb ásatások során több olyan, Heródes uralkodása idejéből származó impozáns épület maradványa került napvilágra, amely építészetileg igencsak hasonlít Kaifásnak az evangéliumban leírt házához. Az objektumok többsége egy tágas udvar köré épült, ilyenben őrizték Jézust az elfogatása utáni éjszakán.

A felsőváros házai elég tágasak voltak ahhoz, hogy nagy létszámú férfi- és női szolgálószemélyzetnek is helyet adjanak. Minden épületben volt egy nagyobb méretű, gazdagon díszített terem, s feltehetőleg egy ilyenben gyűlt össze a főtanács is, amely kérdőre vonta Jézust, mielőtt Pilátushoz vitték.